"Встраивать узел в расчетную модель не обязательно" это не так, в вашем примере совпало, это редкость (узлы то разные бывают). Перемещениями задавать смещение только если если учтена податливость на концах стержней, в противном случае вписывать либо считать по усилиям, а не по перемещениям.