Здравствуйте, Алексей Юрьевич,
если вы хотите сохранять группировку элементов, необходимо после каждого копирования добавлять скопированные элементы в группы. Попробуем добавить возможность автоматизации назначения групп в следующей версии (релизе)
Как вариант, для того, чтобы отличать ваши фермы от остальных конструкций и в любой момент их отфрагментировать, вы можете создать для них отдельный материал (сталь например С245, в описании пометить как "для фермы"

и назначить для фермы этот материал

, после этого копировать фермы.
для остальных конструкций можете использовать тоже например С245, но уже идущий другим номером в таблице материалов
Таким образом, используя фильтр по материалу, вы в любой момент сможете отфильтровать ваши фермы:
